Ein militärischer Fehlschlag für General von Trotha. Doch der Zug der Herero durch die Kalahari erwies sich als noch größere Katastrophe. Tausende starben, nur rund 1.400 Herero kamen in Botswana an, darunter Maharero.
Am 2. Oktober erließ Von Trotha seinen berüchtigten Schießbefehl, der sich gegen jeden Herero richtete; über Frauen und Kinder sollte hinweggeschossen werden, um sie zum Laufen zu zwingen.
Tausende Herero überlebten jedoch in kleinen Gruppen im Busch, ohne dass die Schutztruppe sie fassen konnte. 1906 richteten Missionare, zu denen viele Herero noch Vertrauen hatten, auf Bitten der Kolonialverwaltung Sammellager ein, in denen bis Oktober 1906 über 12.000 Herero aufgenommen und entwaffnet wurden. Eines dieser Lager befand sich an einem Quellwasser-Bach im heutigen privaten Naturreservat Waterberg Wilderness.
Von dort aus wurden die Herero in Konzentrationslager geschickt (errichtet nach dem Vorbild der Briten im Burenkrieg) und zu harter Arbeit etwa im Bahnbau eingesetzt. Dort starben rund 30 Prozent der Gefangenen, insgesamt fast 7.700 Menschen.